Pudo haber recibido su educación en el monasterio de Heiligenkreuz, donde otro Johann Baptist Peyer (1651-1726) trabajó como camerarius mayor desde 1693 a 1698; el más joven (y posiblemente pariente) J.B. Peyer trabajó allí como organista e instructor musical desde 1698. Trabajó para la emperatriz Eleonora, viuda de Leopoldo I, desde alrededor de 1712 hasta la muerte de ella en 1720, y posteriormente en la capilla de la corte central bajo la dirección de J.J. Fux. La fuente existente más importante de obras para teclado de Peyer (copiada en Viena, h. 1780) da lugar a una considerable confusión sobre atribuciones. Riedel aceptó la adscripción de los copistas del preludio y fuga en el primer fascículo a Andreas Bayer (1710-1749), organista de la corte en Würzburg, y de los que están en los fascículos 2-3 a J.B. Peyer. El fascículo 4 contiene una sonata de dos movimientos a la nueva manera italiana, atribuido simplemente a ‘Sige Beÿer’.

Las 100 piezas en los fascículos 2-3 muestran signos de intenciones litúrgicas; todos menos unos pocos últimos están agrupados de acuerdo a los ocho tonos de la iglesia, y se encuentran títulos como "Capriccio pro Elevatione" y "Fuga post Dona nobis". Pero en estilo no se ajustan al verset austro-alemán convencional. Algunas piezas están en un anticuado estilo ricercare, como la fuga en el Aleluya de Pascua; más significativas son esas piezas escritas en un estilo animado, instrumental moderno, y mostrando tendencias sorprendentemente progresistas en la textura, estilo melódico, patrones rítmicos y estructura de claves. Estas crean un efecto galante simplificado más cercano a la nueva sonata para teclado que a la fuga litúrgica barroca.

Si Andreas Bayer fuera el autor de todo el manuscrito, los fascículos 2-3 encajarían en una cadena lógica que abarca la sonata en el fascículo 4. Andreas pertenecía a la generación de Alberti y Paradies; el compositor de sonatas Platti, cuya "Sonates pour le clavessin Op. 1" apareció en vida de Andreas, estuvo activo en la corte de Würzburg. La alternativa consiste en considerar a J.B. Peyer como un individualista notablemente de avanzada entre sus contemporáneos vieneses. El origen vienés del manuscrito puede explicarse por la estrecha asociación entre las cortes de Viena y Würzburg, mientras que la adscripción en fascículos 2-3 podría ser un error del copista. Pero no se pueden sacar conclusiones definitivas en ausencia de pruebas corroborantes.